整合了我国农业、林业、医学、药学、工业、兽医、海洋、基础研究、教学实验等九大领域的菌种资源，库藏资源总量达23万余株，备份超过320万份。其中可对外共享量超过15万株，分属于2484个属，13373个种，涵盖了国内微生物肥料、微生物饲料、微生物农药、微生物环境治理、食用菌栽培、食品发酵、生物化工、产品质控、环境监测、疫苗生产、药物研发等各应用领域的优良微生物菌种资源。