国家水生生物种质资源库（资源库）围绕国家战略需求，开展水生生物资源的收集、创制、整理、保存和利用工作，建立水生生物资源的国家级保存体系；承接各类科技计划实施所形成的水生生物资源的汇交、整理和保存任务；开展水生生物资源的社会共享，面向各类科技创新活动提供公共服务，开展科学普及，根据创新需求开展相关定制服务；建设和维护国家水生生物种质资源库数据库、网站和在线服务系统，开展水生生物资源管理与共享服务等应用技术研究；开展水生生物资源保护与开发的基础理论和技术方法的研究；负责制定水生生物资源的鉴定、操作、遗传、伦理等国家标准；开展水生生物资源的国际交流与合作，参加相关国际学术组织，维护国家利益与安全。资源库设立理事会、专家委员会、用户委员会、管理办公室等，下设国家斑马鱼资源中心、藻类和原生动物种质资源子库、长江鱼类种质资源子库、水生植物种质资源子库、特色水生动物种质资源子库、珍稀水生动物资源子库等6大子库。